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10篇《Cell》文章及封面聚焦人类伟大成就:癌症基因组图谱TCGA!

  国际顶级学术期刊《Cell》在最新一期中,采用封面形式,发表了包括评论和社论在内的超过8篇文章聚焦了人类的一项伟大成就:人类癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)。而事实上,这些文章都是TCGA的收官项目之作-泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas)的部分文章,泛癌症图谱总共包括27篇文章,一共可以分成3个部分,每个部分由一篇重磅Cell文章领头,其他的文章已经发表于CellPress旗下的其他著名期刊,比如Cancer Cell等杂志。

  癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)想必早已为全世界广为知晓,这项计划于2005年提出,旨在通过基因组学分析技术,将人类全部癌症的基因组变异图谱绘制出来,从而更好地了解癌症发生和发展的机制。

  尽管如今TCGA项目已经囊括了33种最常见癌症且超过11000个肿瘤样本的测序等工作,然而,它还没有完全结束。

  ▲TCGA的各项关键数据(图片来自CellPress)

  因为,虽然获得了海量的数据(超过2.5PB,约为250万GB的数据,若是把数据放到DVD上面,得超过20万张DVD碟片),然而,如何分析这些数据,如何通过这些数据来发现各种不同的常见癌症的命脉,仍然是一个巨大的挑战。

  因此,一个叫做“泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas)”的计划跃然纸上,其目标是整合出不同肿瘤的TCGA数据,然后对这些数据进行分析和解释,而如今,一大批重大成果已经完成,这些成果一共包括27篇文章,均发表在著名学术出版机构CellPress旗下的各种著名刊物比如《Cell》、《Cancer Cell》等上面。

  4月5日,国际顶级学术期刊《Cell》在最新一期中,采用封面形式,发表了包括评论和社论在内的超过8篇文章聚焦了人类的一项伟大成就:人类癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)。

  ▲最新一期著名学术期刊《Cell》以封面形式聚焦泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas)

  今天必然是整个生物医学领域欢呼的一天!

  美国国立卫生研究院院长Francis S. Collins博士说:“这个项目是10多年来突破性工作的结晶!为癌症研究人员提供了前所未有的工具,让他们理解肿瘤在人体内如何诞生、何处诞生、为何诞生,并能更好地指导临床试验,使更好的疗法成为可能。”

  事实上,泛癌图谱的这27篇文章一共分成三个部分,包括:cell-of-origin patterns, oncogenic processes以及oncogenic pathways这伞个部分,其中,每个部分由一篇重磅Cell文章领衔。

  不但如此,CellPress还精心制作了一个网站:http://www.cell.com/pb-assets/consortium/pancanceratlas/pancani3/index.html(需复制登录)来将泛癌症图谱的这27篇文章分门别类介绍。

  ▲泛癌症图谱(Pan-Cancer Atlas)的重磅文章收录网站(图片来自CellPress)

  我们这里来简单看看发表在最新一期《Cell》上面的关于泛癌症图谱相关的超过8篇重磅文章: ▶1.Charting%20a%20Course%20to%20a%20Cure 这一篇是《Cell》的社论,由其副主编Robert%20Kruger博士撰写,高度赞扬了TCGA癌症图谱计划取得的伟大成就,并隆重介绍泛癌症图谱(Pan-Cancer%20Atlas),他在评论中针对泛癌症图谱计划写道:“这项工作就像是人类癌症研究的谷歌地球(Google%20Earth,一个由谷歌公司开发的强大的卫星地图软件)!”

  ▶2.The Cancer Genome Atlas: Creating Lasting Value beyond Its Data

  这是一篇简短的评论文章,介绍了TCGA计划以及泛癌症图谱的情况,由NIH的Carolyn Hutter博士和Jean Claude Zenklusen博士撰写。

  ▶3.Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer

  这篇文章整合分析了TCGA数据库中33种癌症类型,超过10000例肿瘤的数据,在分子层面来分析不同类型肿瘤的异同,为寻找新的药物靶点提供了有用的信息。该文由北卡大学的Katherine A. Hoadley和Van Andel研究所的Peter W. Laird领衔。

  ▶4.Perspective on Oncogenic Processes at the End ofthe Beginning of Cancer Genomics

  这篇文章也是27篇文章中的旗舰文章之一,由华盛顿大学Ding Li教授、哈佛大学David A. Wheeler教授以及Broad研究所的Gad Getz教授领衔撰写,作者估计有数百位。该文章主要介绍了研究者们通过TCGA整合分析发现的调控肿瘤发生的分子过程。

  ▶5.Oncogenic Signaling Pathways in The Cancer Genome Atlas

  这篇文章主要整合了TCGA数据,分析了9000多例肿瘤样品的10条信号通路的海量数据,寻找到了一些代表性的信号通路,为进一步肿瘤治疗的药物开发提供了思路。

  ▶6.Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation

  该文利用人工智能深度挖掘TCGA数据库中表观遗传数据,寻找到肿瘤的干细胞相关特征,为药物开发和新的治疗方法提供新的见解。

  ▶7.Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers

  该文利用TCGA数据库整合分析了33种 不同类型肿瘤的10389例样品的数据,发现了几百个germline变异。

  ▶8.Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations

  这篇文章深入综合分析了来自于TCGA数据库的超过9000例肿瘤样品数据,鉴定了肿瘤驱动基因的突变。

  ▶9.A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples

  这篇文章整合分析了33种不同类型肿瘤的超过9000例样品的加强子(enhancer)情况。

  ▶10.An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics

  这篇文章从33种不同类型的肿瘤总共包括11160名患者整合分析产生了临床病理资料。

  到这里已经罗列完今天发表在《Cell》上面的关于TCGA的文章了,其他剩余的文章可以在上面提到的网站中进一步查看。

  毫无疑问,这个项目将造福于癌症研究与癌症新药的开发。

  “这些最新的成果有望让医药公司开发全新的癌症免疫疗法,或是让已经获批、治疗其他疾病的药物用于癌症的治疗。”加州大学旧金山分校(UCSF)的癌症与发育疗法项目主任 Christopher Benz教授评论道。

  “是时候重写癌症的教科书了!”Benz教授兴奋地说道。

来源:精准医学
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